Gdy po 1517 r. mieszkańcy ziem leżących nad środkową Odrą zaczęli przyjmować naukę o. dr. Marcina Lutra, sytuacja biskupstwa lubuskiego zaczynała się coraz bardziej komplikować. W tej sytuacji duchowieństwo lubuskie starało się podejmować próby zatamowania zmian wyznaniowych. Choć nowe prądy religijne rozprzestrzeniały się szybko, to jednak katolicyzm nadal był mocny w wielu rejonach. Nie ulega jednak dyskusji, że nowe nauki były dla wielu bardzo interesujące. Sytuacja uległa całkowitej zmianie wraz z przyjęciem nauk o. dr. Lutra przez margrabiów brandenburskich. Dotychczasowe współdziałanie biskupów lubuskich z margrabiami uległo załamaniu.

Pozorny spokój

Po wystąpieniu Marcina Lutra na terenach ówczesnej diecezji lubuskiej rządził Joachim I, elektor brandenburski, syn Jana Cicero. Mimo niepokojów religijnych Joachim I pozostawał ciągle wierny nauce Kościoła. Nawet nuncjusz papieski w Niemczech Aleksander informował Stolicę Apostolską, że elektor to jedyny książę Rzeszy, któremu można ufać. Joachim I zakazał w swoim księstwie szerzenia nauki według Lutra. Także w swoim domu nakazał wierność nauce Kościoła. Jednak jego żona Elżbieta skłaniała się ku nowej nauce. Kiedy mąż czynił jej z tego powodu wyrzuty, ta opuściła go i wyjechała do Saksonii. Ich synowie Joachim i Jan mogli się swobodnie kontaktować z matką. Podczas wizyt u matki zapoznali się z nauką Marcina Lutra. Mieli możliwość poznania także jego samego. Ostatecznie synowie elektora Joachima I wybrali naukę ewangelicką. Ojciec, zorientowawszy się w sytuacji, zabronił im studiowania nauki protestanckiej. Nawet leżąc na łożu śmierci, zażądał od synów, by ci złożyli przysięgę na wierność nauce Kościoła. Jednak kiedy tylko ojciec zmarł, ci otwarcie opowiedzieli się za nauką Marcina Lutra.

Po śmierci Joachima I synowie podzielili między siebie schedę po ojcu. Jan, zwany Kostrzyńskim, otrzymał Nową Marchię wraz z terenami Ziemi Lubuskiej. Po objęciu władzy zdecydował się przenieść stolicę państwa z Chojny do Kostrzyna nad Odrą. Od samego początku dał się poznać jako gorliwy zwolennik luteranizmu. Zdecydował się zabrać dobra kościelne. Usuwał proboszczów z ich parafii, a w te miejsca osadzał duchownych ewangelickich.

Pierwsze konflikty

Jednym ze znaków nadchodzącej zagłady biskupstwa był konflikt między Janem Kostrzyńskim a biskupem Jerzym Blumenthalem o cudowny obraz Matki Bożej z Górzycy. Margrabia zażądał usunięcia obrazu z sanktuarium. Biskup lubuski Jerzy stanowczo przeciwstawił się tym żądaniom. Jan Kostrzyński posunął się nawet do represji ekonomicznych, ale biskup pozostał niewzruszony i nadal bronił sanktuarium w Górzycy. Zresztą nie tylko w sprawie sanktuarium dał się poznać jako gorliwy obrońca Kościoła. Bronił praw uniwersytetu we Frankfurcie oraz wolności Kościoła. Sprzeciwiał się nowym porządkom zaprowadzanym przez wyznaczonych przez elektora wizytatorów. Ten gorliwy obrońca wiary zmarł 25 października 1550 r.

Nowy biskup

Po śmierci bp. Blumenthala rozpoczęły się działania zmierzające do wyboru nowego biskupa. Margrabia Jan przedstawił kapitule lubuskiej kandydatury swoich synów Zygmunta i Fryderyka, a także księcia Joachima z Ziębic, biskupa brandenburskiego. Kapituła lubuska, wyczuwając zbliżający się konflikt, wybrała biskupem kanonika Redorfera. Ten jednak został zmuszony przez margrabiego do rezygnacji. Margrabia od samego początku naciskał przez swoich komisarzy na kanoników lubuskich. W tej sytuacji kanonicy wyraźnie zaznaczyli, że kandydat na biskupa powinien odznaczać się pewnymi cechami. Podkreślili w ten sposób, że kandydaci przedstawieni przez księcia nie spełniali tych wymagań. W trakcie wyborów kanonicy podkreślali również fakt zubożenia diecezji oraz potrzebę wyboru biskupa żyjącego skromnie. Pragnęli także pasterza spełniającego wymogi prawa kanonicznego. Spodziewano się, że papież nie zatwierdzi zbyt młodych synów elektorskich lub biskupa Joachima, który wówczas popadł już w kościelne kary. Długo nie można było wybrać nowego biskupa lubuskiego. Ostatecznie jednak znaleziono kompromis i biskupem wybrano Jana Horneburga. W 1551 r. uzyskał zatwierdzenie ze strony papieża. Co ciekawe, ten ostatni katolicki biskup lubuski uzyskał sakrę biskupią z rąk prymasa Polski abp. Mikołaja Dzierzgowskiego. Choć diecezja lubuska już dawno odpadła od Polski, to jednak nowy biskup Jan właśnie u gnieźnieńskiego metropolity szukał wsparcia i prosił o święcenia biskupie.

Zmiany wbrew woli

Wielu mieszkańców tych ziem nadal opowiadało się za dawną liturgią i broniło swoich kapłanów. Jednak w 1555 r. miały miejsce zdarzenia, które ostatecznie doprowadziły do likwidacji diecezji lubuskiej.

W 1555 r. umarł bp Jan Horneburg. Do samego końca starał się powstrzymać napór nowych prądów religijnych. Choć miał świadomość zachodzących procesów, to jednak do samego końca starał się bronić praw i wolności Kościoła.

W tym samym roku został zawarty pokój w Augsburgu. Dawał on władcom szerokie prawa w sferze religijnej. Jednym z najistotniejszych była zasada „Cuius regio, eius religio” – czyja władza, tego religia. Odtąd władcy z całą mocą zaczęli interweniować w wewnętrzne sprawy Kościoła. W szerzeniu nauki Lutra na terenie biskupstwa bardzo pomagali margrabiemu Andrzej Althammer i Jakub Straden.

Po śmierci bp. Horneburga Jan z Kostrzyna wspólnie z Joachimem II, wbrew kapitule lubuskiej, przeprowadzili wybór na biskupa małoletniego Joachima Fryderyka Hohenzollerna, zdecydowanego protestanta. Tak naprawdę to wraz z tym wyborem zapadł ostateczny wyrok na katolicką diecezję. Tytuł biskupa lubuskiego używał Joachim Fryderyk jeszcze do 1598 r., czyli do czasu objęcia przez siebie stanowiska elektora. Jednak była to już pusta nazwa, która nic nie znaczyła.

Początkowo zmiany nie były zbyt mocno widoczne. Jeszcze przez jakiś czas pozostawiono liturgię i ceremonie kościelne. Służba Boża jeszcze długo była sprawowana według starych ksiąg, choć z wieloma zmianami. W 1575 r. przypominano w kościołach, że kto nie przyjmuje Komunii św., ten będzie pozbawiony chrześcijańskiego pogrzebu.

Kres

Stolicą diecezji lubuskiej było wówczas Fürstenwalde (Przybór). Tam wraz z kapitułą rezydował biskup. Nauka Marcian Lutra pojawiła się także tutaj. Ku zmartwieniu biskupa Horneburga i kapituły działał w tym mieście pastor Simon i pomagający mu diakon. W 1555 r. kanonik Redefor skrytykował w katedrze mieszanie się margrabiego w sprawy Kościoła. Wywołał tym wielką burzę, która mogła się zakończyć tragicznie. Ostatecznie jednak kanonik zmarł w 1559 r. Był ostatnim obrońcą katolicyzmu w diecezji lubuskiej. Wcześniej, bo w 1557 r., mieszkańcy biskupiego miasta rozpędzili kapitułę katedralną lubuską.

Kres diecezji lubuskiej przyszedł ostatecznie w 1565 r. Wówczas katedra w Fürstenwalde została zajęta przez protestanckich mieszkańców miasta. Tamtego pamiętnego roku po raz ostatni odprawiono w niej liturgię według katolickiego rytu. Ustało w niej składanie ofiary Mszy św. i zagaszono wieczną lampkę przy tabernakulum. Diecezja faktycznie przestała istnieć.

Diecezja lubuska istniała blisko 450 lat. Ostatnie nabożeństwo w katedrze odprawiono zaś 450 lat temu. Od tego czasu stare, piastowskie biskupstwo, leżące po obu brzegach środkowej Odry, przeszło do historii. Przez kilkadziesiąt lat nie było tu żadnej kościelnej administracji. Później tworzono różne wikariaty, administracje apostolskie i diecezje, które mniej lub bardziej odwoływały się do lubuskiej przeszłości. Kiedy w 1945 r. ziemie te ponownie weszły w skład państwa polskiego, utworzono tutaj Administrację Apostolską Kamieńską, Lubuską i Prałatury Pilskiej ze stolicą w Gorzowie. Ta w 1972 r. stała się w pełni kanoniczną diecezją gorzowską, przemianowaną w 1992 r. na zielonogórsko-gorzowską. I choć w nazwie nie nawiązuje już do dawnego biskupstwa lubuskiego, to jednak my często odwołujemy się w historii wiary do tych, którzy kiedyś na tych ziemiach zorganizowali z inicjatywy Bolesława Krzywoustego samodzielne biskupstwo. Do tej lubuskiej tożsamości nawiązuje także powstałe w 1999 r. województwo lubuskie. Ale to już inna historia. Dziś po tej stronie Odry pali się wiele wiecznych lampek.