Istotnym elementem formacji kapłańskiej są studia filozoficzno-teologiczne. Odbywają się one zgodnie z wytycznymi Stolicy Apostolskiej i programu studiów wyższych seminariów duchownych w Polsce. Każdy kandydat do kapłaństwa jest zobowiązany przed przyjęciem święceń diakonatu obronić pracę magisterską. W związku z nauczaniem religii w szkole prawo państwowe nakłada na uczelnie teologiczne obowiązek przygotowania pedagogicznego absolwentów. Obejmuje ono 270 godzin wykładów, m.in. z zakresu psychologii, pedagogiki, dydaktyki i socjologii oraz odbycie 150 godzin praktyk katechetycznych w szkole.
Nad formacją intelektualną (studiami filozoficzno-teologicznymi) alumnów czuwają mianowani przez Biskupa Legnickiego wykładowcy. Wszyscy ukończyli specjalistyczne studia filozoficzne bądź teologiczne w uczelniach zarówno w kraju, jak i za granicą. Posiadają zatem kwalifikacje wymagane do prowadzenia zajęć dydaktycznych (wykładów, konwersatoriów, ćwiczeń, seminariów naukowych, lektoratów i praktyk).
Zajęcia rozpoczynają się zwykle 1 października, natomiast nieco później ma miejsce uroczysta inauguracja roku akademickiego z udziałem Biskupa Legnickiego, zaproszonych gości i studentów. Podczas inauguracji składane jest zawsze sprawozdanie z działalności Seminarium w minionym roku studiów, ślubowanie i immatrykulacja studentów I roku, wręczenie nagród najlepszym studentom oraz wykład inauguracyjny wygłaszany przez wybitnych specjalistów.
W minionym dziesięcioleciu istnienia i działalności WSD w Legnicy zajęcia dydaktyczne prowadziło ogółem 64 wykładowców duchownych i świeckich, w większości z terenu diecezji legnickiej, a także z sąsiednich diecezji i zgromadzeń zakonnych.
Niektórzy nasi wykładowcy podejmowali zajęcia dydaktyczne także poza Seminarium, np. w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej w Legnicy, w Diecezjalnym Kolegium Teologicznym w Legnicy, Jeleniej Górze i w Wałbrzychu czy w Diecezjalnym Studium Organistowskim w Legnicy. Wyższe Seminarium Duchowne sprawuje również opiekę naukową nad Diecezjalnymi Kolegiami Teologicznymi w Legnicy, Jeleniej Górze i Wałbrzychu oraz nad Katolickim Uniwersytetem Ludowym w Chojnowie, filiami w Strzegomiu i Gryfowie Śląskim Biedrzychowicach.
Wyrazem aktywności naukowej naszego środowiska jest m.in. udział zarówno wykładowców, jak i studentów w sympozjach organizowanych na terenie całego kraju, a także publikacje książek i artykułów w czasopismach teologicznych. Każdego roku Biskup Legnicki kieruje na studia specjalistyczne w kraju lub za granicą kilku kapłanów.
W trosce o odpowiedni poziom przygotowania teologicznego studentów do Seminarium zapraszani są specjaliści z różnych dziedzin związanych z aktualnymi zagadnieniami teologicznymi czy dotyczącymi problemów, którymi żyje człowiek we współczesnym świecie. Seminarium jest ponadto organizatorem (lub współorganizatorem) kongresów i sympozjów naukowych. Dotychczas odbyły się Kongresy poświęcone następującej problematyce: 1994 - narkomania, 1995 - trzeźwość, 1996 - rodzina, 1997 - młodzież, 1999 - osoby niepełnosprawne. W Roku Jubileuszowym alumni i przełożeni uczestniczyli w Krajowym Kongresie Powołań, który odbył się w maju na Jasnej Górze, a wszyscy przełożeni w Jubileuszowej Konferencji Formatorów Wyższych Seminariów Duchownych Diecezjalnych, Zakonnych i Delegatów Biskupich ds. Stałej Formacji Kapłańskiej w Częstochowie. Kongresy gromadzą nie tylko duchownych i świeckich studentów teologii, lecz także osoby i organizacje interesujące się tymi zagadnieniami z terenu całej diecezji legnickiej. Jest to forum wymiany myśli i dzielenia się doświadczeniami licznych uczestników kongresowych obrad.
Inną formą budowania środowiska intelektualnego są organizowane przez Towarzystwo Naukowe przy Wyższym Seminarium Duchownym wykłady otwarte, które prowadzą znane i cenione osoby w dziedzinie nauki i kultury.
Ożywiającym elementem w naukowym środowisku są wydawane w serii Biblioteka Diecezji Legnickiej teologiczne rozprawy wykładowców seminaryjnych. Wyrazem aktywności naukowej jest udział zarówno wykładowców, jak i studentów w sympozjach i konferencjach naukowych na terenie całego kraju, a także liczne artykuły publikowane przez pracowników naukowych w różnych czasopismach teologicznych.
Ważną rolę integracyjną dla akademickiego środowiska diecezji legnickiej pełni inicjatywa organizowania każdego roku opłatkowego spotkania nauczycieli akademickich z trzech głównych ośrodków diecezji: Jeleniej Góry, Legnicy i Wałbrzycha. Miasta te gromadzą w różnych szkołach wyższych rzeszę ponad 25 tysięcy studentów, a spotkanie z rektorami i pracownikami akademickimi z tych środowisk pozwala lepiej poznać w wielu aspektach wspólne problemy i znajdować nowe formy współpracy. Spotkanie tegoroczne, które odbyło się 11 stycznia, było już czwartym tego rodzaju forum wymiany wzajemnych doświadczeń.
Takie spotkania stają się okazją do nawiązywania współpracy międzyuczelnianej, której dobrym przykładem jest umowa o współpracy pomiędzy Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Legnickiej a Państwową Wyższą Szkołą Zawodową w Legnicy, podpisana 3 kwietnia 2001 r. przez rektorów obu uczelni: ks. dr Leopolda Rzodkiewicza i prof. dr hab. Stanisława Dąbrowskiego. Przedmiotem umowy jest współpraca obu stron w zakresie dydaktyki, nauki i działalności popularyzatorskiej. W zakresie dydaktyki umowa zapewnia studentom obu uczelni możliwości korzystania z biblioteki i czytelni. Wymianę doświadczeń dotyczących metodyki nauczania i wykorzystania nowoczesnych środków dydaktycznych oraz wymianę kadry dydaktycznej. W dziedzinie nauki obie szkoły będą organizować wspólne sesje naukowe, sympozja, konferencje oraz wymieniać własne wydawnictwa. Natomiast wspólna działalność popularyzatorska obejmować będzie organizowanie imprez masowych o charakterze edukacyjnym i wychowawczym, jak również popularyzowanie wiedzy o Legnicy i regionie dolnośląskim. Podpisana umowa umożliwia praktyczną współpracę obu uczelni, która przyjęła konkretne już formy w postaci prowadzenia zajęć dydaktycznych w PWSZ przez trzech pracowników naukowych WSD oraz wspólne zorganizowanie dwudniowego sympozjum naukowego z okazji 760. rocznicy bitwy z Mongołami pod Legnicą.
Obowiązek dalszej formacji intelektualnej mają także kapłani, którzy ukończyli studia w Seminarium. Spotkania formacyjno-szkoleniowe mają księża neoprezbiterzy. Niektórzy kapłani podejmują studia licencjacko-doktoranckie w PWT we Wrocławiu. Dla pozostałych w Seminarium organizowane jest dwuletnie studium wikariuszowskie oraz roczne studium proboszczowskie.
W dojrzewaniu intelektualnym alumnów legnickiego seminarium niezastąpioną rolę odgrywa księgozbiór biblioteczny. Biblioteka zawiera nowocześnie wyposażone czytelnie i pomieszczenia katalogowe. Od początku istnienia Seminarium dzięki licznym ofiarodawcom, fundatorom i koniecznym zakupom gromadzony jest i nieustannie powiększany księgozbiór biblioteczny, który obecnie liczy ponad 90 000 woluminów, książek z zakresu teologii i filozofii, historii, prawa kanonicznego, literatury pięknej znajdujących się w końcowej fazie komputerowego katalogowania. Biblioteka gromadzi książki stare (również starodruki) i nowe, czasopisma, przedwojenne księgi metrykalne, albumy, edukacyjne taśmy wideo o profilu religijnym, plakaty, broszury i pamiątkowe medale. Znajduje się w niej specjalny dział poświęcony historii i tradycji ziem wchodzących w skład diecezji legnickiej.