Relikwie zostały odnalezione przez konserwatorów w "świętych schodach" krypty kościoła. Krypta ta została konsekrowana w 1733 r. jako kaplica z ołtarzem "Więzienia Chrystusa". W głównej jej części znajdują się dwubiegowe schody nawiązujące do "Scala Sancta", czyli schodów, po których Chrystus szedł przed sąd Piłata.

W XVIII wieku w krypcie kościoła odprawiane były nabożeństwa związane z Męką Pańską. Pod schodami znajdowała się grota wyłożona sztukateriami, w której w okresie Wielkanocy przygotowywano Grób Pański. Tradycja ta przetrwała do dzisiaj.

Pod każdym ze stopni schodów konserwatorzy odnaleźli otwory, w które wkładane były relikwie. - Z materiałów archiwalnych wynika, że w trzech stopniach znajdują się relikwie Krzyża Świętego, a w pozostałych miejscach relikwie świętych - mówi Karolina Pachota z Firmy Konserwatorskiej Piotr Białko, która prowadzi prace. - Otwory te są niewielkie, ile relikwii się w nich zachowało oraz których świętych, jeszcze nie wiadomo – dodała. Odnalezione relikwie pod nadzorem ojców pijarów mają być zinwentaryzowane i zabezpieczone.

Polska Prowincja Zakonu Pijarów realizuje projekt pt. "Perła polskiego baroku – rewaloryzacja nowoodkrytych, unikatowych polichromii w krypcie kościoła Pijarów w Krakowie". Zakłada on również odtworzenie historycznych galerii w Kolegium Pijarskim w celu udostępnienia zabytkowych wnętrz i poszerzenia działalności kulturalnej. Środki na ten cel pochodzą z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2014-2020, Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa i od Polskiej Prowincji Zakonu Pijarów.

Prace potrwają do jesieni 2019 roku.