Pierwsza wzmianka o jego istnieniu pochodzi z 1446 r. Znajdował się poza obwarowaniami miejskimi, na przedmieściu (in suburbio), przy drodze wiodącej na „Zamczysko”. Pod koniec XVI w. został zajęty przez protestantów i sprofanowany, o czym świadczy układ między właścicielami Gorlic z 1608 r. Prawdopodobnie po 1625 r., wraz z kościołem parafialnym, znalazł się w posiadaniu katolików. Należy przypuszczać, że spłonął w 1657 r. Odbudowaną świątynię konsekrował w 1705 r. bp Kazimierz Łubieński. W XVIII w kościół był drewniany (ecclesia tota lignea), z murowaną zakrystią. Posiadał drewnianą dzwonnicę mieszczącą się naprzeciw wielkich drzwi. Na dachu świątyni umieszczono wieżyczkę z sygnaturką. We wnętrzu świątyni znajdowało się pięć ołtarzy. Ołtarz główny NMP posiadał malowaną i złoconą nastawę, na której umieszczono tabernakulum. Był on konsekrowany przez bp. Łubieńskiego.
Drugi z ołtarzy, dedykowany św. Apolonii znajdował się od strony epistoły. Był malowany i złocony. Trzeci ołtarz, poświęcony św. Antoniemu Padewskiemu, był podobnej budowy. Pozostałe ołtarze, malowane i złocone, poświęcono Matce Bożej Bolesnej oraz św. Barbarze Dziewicy i Męczennicy.
Świątynia posiadała chór muzyczny na którym znajdowały się ośmiogłosowe organy. Prowadziły do niej 2 wejścia. Zakrystia znajdowała się od strony Ewangelii, prowadziły do niej żelazne drzwi. Posiadała jedno okratowane okno.
Kościół otaczał cmentarz, na którym umieszczono drewnianą kostnicę. Świątynię rozebrano ok. 1800 r. z nakazu władz austriackich. Pozostawiono jedynie murowaną zakrystię, która uległa zburzeniu w 1915 r.

Kaplica „Carceris Christi” (Więzienia Chrystusowego)

Wzniesiono ją na pocz. XVIII w. z fundacji niejakiego Cieślika, prawdopodobnie mieszczanina gorlickiego, o czym świadczy dokument kolatora parafii Stanisława Łętowskiego z 1715 r. Kaplicę konsekrował w 1705 r. bp Kazimierz Łubieński.
Była ona murowana. Składała się z dwóch poziomów. Pierwszy z nich posiadał ołtarz Złożenia z krzyża Chrystusa z wymalowanymi tajemnicami Jego męki. Niżej umieszczono ołtarz Matki Bożej Bolesnej. Pośrodku pomieszczenia ustawiono łaskami słynący posąg Pana Jezusa przywiązanego do słupa. Obydwa pomieszczenia kaplicy wyposażono w drzwi. Do pomieszczenia wyższego docierało światło przez trzy okna, a do niższego - przez dwa. Wyższa kondygnacja kaplicy posiadała ceglaną posadzkę, niższa - kamienną. Świątynia posiadała szafy na paramenty liturgiczne oraz mały chór muzyczny.
W czasie pożarów miasta w latach 1799 i 1874, kiedy to spłonął kościół parafialny, w kaplicy skupiało się życie religijne parafii. W wyniku słynnej bitwy gorlickiej w 1915 r. górna kaplica została uszkodzona. Ocalała dolna część z figurą Pana Jezusa. W następnych latach pełniła ona funkcje kościoła parafialnego.